Chùa Tam Bửu do sư tổ họ Ngô, húy là Lợi mà trong đạo gọi là Đức Bổn Sư, lập ra. Cụ Ngô Lợi còn có tên là Hữu, sanh năm Canh Dần (1829) tại Dội (gần biên thùy Châu Đốc). Cụ Ngô Lợi dẫn hơn bốn trăm hộ gia đình khắp Nam kỳ lục tỉnh lên núi Tượng (Liên Hoa Sơn) “trảm thảo khai hoang”, ngoài việc thiết lập nên kiểng chùa này còn thiết lập thôn ấp mới gọi là thôn An Định.
Cuối tháng Giêng năm Bính Tý - 1876, cụ khai sáng đạo Tứ Ân Hiếu Nghĩa. Đạo Tứ Ân Hiếu Nghĩa lấy bốn chữ Bửu Sơn Kỳ Hương của Phật Thầy làm tổ, giữ tứ ân, trọng hiếu nghĩa. Tín đồ khá đông mà toàn thể đều được dạy tôn thờ Phật đạo, dạy cư sĩ tại gia. Cụ là người ghét Tây, mến những bậc trung lương ái quốc, nên trong bốn ân đó có ân Tổ quốc. Cụ liên lạc với cụ Quản Thành, một đại đệ tử của Phật Thầy và là một lãnh tụ kháng Pháp. Pháp có mấy lần tìm nhưng không bắt được cụ. Cụ Ngô Lợi viên tịch vào năm Canh Dần (1890) trong lúc không đau ốm gì. Truyền rằng xác cụ được một mãnh hổ cõng vào giấu trong một hang núi và xác ấy khô lại, không hôi thối.
Theo quyển “Cẩm nang du lịch An Giang” (Ban tổ chức lễ hội Vía Bà Chúa Xứ núi Sam - Châu Đốc - An Giang, 2001), thì chùa Tam Bửu được xây dựng vào năm 1882. Chùa nằm về phía Đông vách núi Tượng, cách chân núi hơn mười thước. Khởi thủy, chùa được cất bằng cây lá đơn sơ và đã trải qua nhiều lần bị lính mã tà đốt phá với 7 lần pháp nạn. Người xưa kể, bọn lính cho rằng đây là vùng căn cứ tự trị do ông Ngô Lợi cầm đầu nên vào thôn đánh đuổi dân làng, cướp giật nhiều thứ từ vật dụng quý cho đến heo, gà... suốt thời gian từ 1876 đến 1888. Theo tư liệu của tủ sách sưu khảo Phật giáo Bửu Sơn Kỳ Hương do Hà Tân Dân biên soạn và một số vị cao đồ địa phương, thì đến năm 1885 chùa được tái thiết. Đến tháng 2 năm 1888, khi chính quyền Pháp cho thôn An Định sáp nhập xã Ba Chúc (tỉnh Châu Đốc thời bấy giờ) thì chùa Tam Bửu mới được trùng tu khang trang.
Cứ tưởng chùa đã hết “pháp nạn”. Năm 1978, khi bọn Pôn Pốt đánh sang biên giới nước ta, nhân dân khắp nơi trong xã chạy vào chùa trú ẩn. Ngày 13-4-1978, quân Pôn Pốt bắn phá vào hậu liêu của chùa, làm một mảng tường hư sụp, khiến 40 người chết và 20 người bị thương. Người bị thương và người chết nằm chồng chất lên nhau. Đến ngày 20-4-1978, bọn Pôn Pốt tràn vào chùa lần thứ hai, bắt hơn 700 người đem ra khỏi chùa, cướp hết đồ đạc rồi phân ra nam, nữ. Nam đưa về hướng cánh đồng Lạc Quới, nữ đưa về hướng kinh Năm Xã, còn lại những người già yếu bệnh tật không đi nổi, chúng lôi vào nhà khách bắn chết, sau đó đốt chùa. Riêng 700 người bị bắt chỉ có 2 người sống sót trở về, còn bao nhiêu chúng hành hạ, hãm hiếp phụ nữ và giết hết ngoài cánh đồng gần chùa.
Thăng trầm trên 100 năm, ngày nay chùa Tam Bửu vẫn còn nét cổ với nhiều mái, nhiều gian, lợp ngói với nóc chóp cao. Chùa tọa lạc trong khuôn viên rộng trên 3ha. Ngoài ngôi chính điện còn có nhiều gian phụ như nhà khách, nhà tiếp tân, nhà bếp và nhà nghỉ có sức chứa hàng trăm người. Chùa hiện có khoảng 30 bàn thờ từ chính điện ra đến tận cột phướng. Trong chính điện thờ Quan Thánh Đế Quân, Hội đồng Thượng Phật, Cửu huyền bá tánh, Thập vương, Hộ pháp, Chánh tăng, Phật vương, Phật thầy, Phật trùm... Tiền sảnh tạc 4 con rồng vào 4 trụ, gần cột phướng thờ Thiên, Địa thần, Thổ trạch. Việc cúng bái với rất nhiều nghi lễ, ngoài rằm và hăm chín, ba mươi hằng tháng, còn những đại lễ khác như: Đức Bổn Sư viên tịch (13-10 âm lịch), rằm tháng bảy (Trai đàn), cúng hội Chánh đán, Đoan ngũ, giỗ tập thể... Chùa Tam Bửu vừa có kiến trúc cổ vừa mang dấu ấn lịch sử thời khẩn hoang, đã được Nhà nước công nhận di tích kiến trúc cấp quốc gia hơn 20 năm qua. Hiện nay mỗi ngày chùa thu hút hàng trăm người trong và ngoài nước đến hành hương.
TRẦN THẾ VINH